【2025年最新】SaaS助成金情報まとめ｜中小企業・スタートアップが活用すべき支援制度とは？

はじめに

デジタル化が進む中、業務効率や売上向上を目的にSaaS（Software as a Service）を導入する企業が増加しています。しかし、多くの中小企業やスタートアップにとって、SaaSの初期導入費用や月額利用料が負担になるのも事実です。そこで注目すべきが「SaaS導入に使える助成金」です。近年、国や地方自治体が推進するDX（デジタルトランスフォーメーション）支援の一環として、SaaS導入に適用可能な助成金制度が続々と登場しています。

本記事では、「SaaS 助成金情報」に関する2025年最新の動向と、実際に使える制度、申請方法、注意点などを詳しく解説します。SaaSの導入を検討している企業はもちろん、すでに導入済みで費用対効果を高めたい方も必見の内容です。

SaaS導入に使える代表的な助成金とは？

SaaSの導入に際して活用できる代表的な助成金制度には、以下のようなものがあります。特に中小企業庁や経済産業省による制度は、採択率・補助額ともに実績があります。

IT導入補助金（デジタル化基盤導入枠）
ものづくり補助金
事業再構築補助金
小規模事業者持続化補助金

たとえばIT導入補助金では、SaaSツールのライセンス費用（最大2年分）に対して最大350万円までの補助が受けられる場合もあります。導入にあたってのコンサル費用や設定作業費も一部対象となることがあり、補助率は通常2/3〜3/4と高水準です。

さらに、地域によっては地方自治体独自の「中小企業DX推進補助金」なども展開されており、国の制度と併用することで実質負担ゼロも夢ではありません。

IT導入補助金でSaaSはどこまでカバーされる？

IT導入補助金は、SaaS導入の際にもっとも利用されている制度のひとつです。2025年版では「デジタル化基盤導入枠」として、業務効率化や売上向上を目的としたSaaS利用が重点的に支援されています。

具体的には、以下のようなSaaSが対象になります。

SaaSの種類	補助対象可否	備考
会計ソフト	○	クラウド型が推奨
顧客管理（CRM）	○	MAやSFAツール含む
勤怠管理システム	○	打刻・シフト管理も対象
ECサイト構築SaaS	△	販路開拓要件がある場合
グループウェア	○	テレワーク支援に該当

これらのツールは「IT導入支援事業者」に登録されたサービスであることが前提となるため、導入前には必ずIT導入補助金の公式サイトで確認しましょう。

SaaS導入時に助成金申請する流れとは？

助成金を活用してSaaSを導入するには、以下のステップで申請手続きを進めます。

公募スケジュールの確認
　IT導入補助金や地方自治体の助成金には募集期間があるため、締切に注意。
IT導入支援事業者の選定
　補助対象となるSaaSベンダーは事前に登録されています。
必要書類の準備
　事業計画書・決算書・労働関係書類などが求められます。
申請書の提出
　gBizIDやSECURITY ACTIONの取得が必要になるケースもあります。
審査・採択結果の通知
　審査には数週間かかり、結果はメールまたはマイページで通知されます。
SaaS導入および実績報告
　導入完了後、領収書や報告書を提出して補助金が交付されます。

手続きはやや煩雑ですが、補助率の高さを考慮すると、専門家の支援を受けてでも活用する価値があります。

SaaS助成金はどんな業種が対象になる？

SaaS助成金は業種による制限が少なく、幅広い業態で活用可能です。特に以下のような業種では、助成金を活用した導入実績が多数あります。

小売・飲食：POS連携や顧客管理SaaSが中心
医療・福祉：電子カルテや予約システムのSaaS活用
製造業：工程管理や在庫管理のSaaS導入
士業：会計・顧問管理のクラウドSaaS

業種別に対象SaaSや要件が異なることもあるため、必ず事前に申請ガイドラインを確認しましょう。

地方自治体のSaaS導入助成金にも注目

国の制度に加えて、自治体ごとに独自のSaaS導入支援策を展開しています。

たとえば、

東京都：中小企業DX推進助成金
大阪府：業務改善助成金（IT導入枠）
福岡市：スマート支援事業補助金

などは、SaaS導入における費用を最大50〜80％補助する例もあります。地方によって補助額や対象ツール、対象企業の条件が異なるため、地域商工会議所や各市町村の産業振興課などでの相談が有効です。

SaaS助成金申請時の注意点とは？

助成金を活用する際には、以下のポイントに注意する必要があります。

補助対象外のSaaSも存在：海外サービスや非登録サービスは対象外。
事前着手禁止：申請前に契約・支払いを行うと対象外になるケースが多い。
報告義務の厳格化：領収書、利用状況報告など提出が求められる。
継続利用の義務：導入後、最低1年〜2年の利用継続が条件になることも。

助成金ありきの導入ではなく、あくまで業務改善・売上向上の観点から導入意義を整理することが重要です。

SaaSベンダー選定時のチェックポイント

助成金を活用するには、SaaSベンダー選びも重要です。以下の観点で比較検討するとよいでしょう。

比較項目	チェックポイント
登録状況	IT導入補助金の支援事業者に登録済か
サポート体制	導入支援・申請サポートがあるか
導入実績	同業種・同規模の導入実績があるか
継続コスト	補助終了後も無理なく運用できる価格帯か
ユーザー評価	ユーザーの満足度や導入効果のレビュー内容

これらをふまえて、自社に最適なSaaSを選ぶことで、助成金の恩恵を最大化できます。

SaaS導入に助成金を使った成功事例

たとえば、ある地方の飲食チェーンでは、POS連携型のSaaS導入により以下の成果を実現しました。

売上月次20％アップ（客単価分析→販促強化）
人件費10％削減（シフト自動化SaaSによる）
補助金350万円受給（IT導入補助金活用）

このように、「SaaS × 助成金」は単なるコスト削減にとどまらず、企業全体のパフォーマンスを底上げする可能性を秘めています。

まとめ

SaaS導入において「助成金」は、費用のハードルを大きく下げる強力な味方です。2025年現在、国・自治体ともにSaaS活用を推進しており、IT導入補助金をはじめとする多くの支援制度が用意されています。

しかし、制度の内容は複雑で変更も頻繁なため、最新情報のチェックや専門家のサポートを受けることが成功の鍵です。費用負担に悩む企業ほど、助成金をうまく活用することで、業務効率化・売上向上・DX推進という大きな成果を得ることができるでしょう。

今こそ、SaaSと助成金を「戦略的に組み合わせる」タイミングです。