病院向け勤怠管理システムおすすめ比較【2026年版】｜夜勤・シフト・複数拠点・料金

はじめに

病院、クリニック、訪問看護ステーション、介護施設を複数運営している医療法人では、勤怠管理の難しさが一般企業よりも一段上がります。看護師、医師、技師、受付スタッフなど多職種が働き、日勤、準夜勤、深夜勤、宿日直、オンコール、時短勤務、兼務、応援勤務が混在します。拠点ごとに締め日や承認者が違うことも珍しくありません。

紙やExcelで集計していると、打刻漏れの確認、残業時間の集計、給与ソフトへの転記、拠点間勤務の合算に時間がかかり、月末にまとめて不備が見つかる状態になりがちです。特に病院では、医師の働き方改革、宿日直許可、勤務間インターバル、様式9、夜勤手当、給与連携まで絡むため、単に安いクラウド勤怠を入れるだけでは解決しません。

この記事では、病院向け勤怠管理システムを複数拠点の運用まで含めて比較します。2026年10月2日時点で各社の公式ページを確認し、主要10製品の料金と前提条件、夜勤や変形労働への対応、給与計算・人事・電子カルテとの連携、導入前の確認事項を整理しました。医療法人の事務長、病院・クリニックの人事労務担当者が、資料請求の前に候補を絞るための記事です。

先に比較軸を決めておけば、資料請求後の確認も短くできます。拠点数、職種、夜勤の有無、給与ソフト、電子カルテ、既存Excelの扱いを並べ、自院に必要な機能だけを見れば、過剰な機能や見落としを避けやすくなります。

比較表は、候補を絞るための入口です。契約前には、自院の勤務表と給与計算の流れに当てはめ、現場での打刻と本部での集計を実際に試してください。

病院・医療機関の勤怠管理が複数拠点で難しくなる理由

医療機関の勤怠管理で失敗しやすいのは、本部だけが使いやすい仕組みを選び、現場の勤務パターンを後から合わせようとするケースです。病棟、外来、検査部門、訪問看護、介護施設、複数クリニックでは、打刻場所、勤務表の作り方、休憩の取り方、承認者が違います。

注意したいのは、夜勤、宿日直、オンコール、応援勤務、兼務の扱いです。職員が複数拠点で働く場合、拠点別だけでなく法人全体の総労働時間も見ます。勤怠管理システムの複数拠点対応では、拠点別の権限管理と本部横断の集計を同時に確認することが重要です。

24時間体制の病棟では、勤務が日付をまたぐため、紙のタイムカードでは実際の労働時間を正しく把握しにくくなります。残業申請が遅れると、36協定で定めた時間外労働の上限に近づいていることに月末まで気づけません。

医師については厚生労働省「医師の働き方改革」で示される時間外労働の上限、面接指導、勤務間インターバルの管理も必要です。看護師や事務職とは管理すべき項目が違うため、職種ごとに勤務ルールを分けて設定できるかが選定の前提になります。

医療機関向け勤怠管理システムの選び方

製品を比べる前に、自院で外せない条件を決めておきます。医療機関では、次の6項目を軸にすると候補を絞りやすくなります。

チェック項目	確認する内容
シフト管理	夜勤・当直・オンコールなどの勤務区分を柔軟に設定できるか。日付をまたぐ勤務を1勤務として集計できるか
打刻方法	スマホ、ICカード、ビーコン、生体認証、顔認証など、病棟や訪問先で無理なく打刻できるか
拠点連携	複数の病院・クリニック・訪問看護ステーション間で、掛け持ちや応援勤務を合算できるか
残業管理	36協定、時間外労働の上限、変形労働時間制、勤務間インターバルに対応しているか
自動アラート	勤務超過、打刻漏れ、未承認を管理者と本人に通知できるか
導入実績・帳票	医療機関での導入実績があるか。様式9や立入検査向けの帳票を出せるか

この6項目のうち、どれを標準機能で満たす必要があり、どれなら運用や外部ツールで補えるかを分けておくと、見積もりの比較がしやすくなります。たとえば、病床を持つ病院では様式9の出力が外せない一方、外来中心のクリニックでは打刻のしやすさと給与連携を優先した方が現場の負担は減ります。

主要製品の機能・料金比較表

医療特化型は様式9や電子カルテ連携に強く、汎用クラウド型は料金が読みやすい一方で、医療特有の帳票や手当計算は事前確認が必要です。

製品	タイプ	公式料金・前提	夜勤・宿日直	複数拠点	連携の確認ポイント
Dr.JOY 勤怠管理	医療特化	料金は非公開で見積もり。導入費用は導入規模により変動、トライアル無料	当直の一括登録、連続勤務時間制限、勤務間インターバル	兼業先を含めた時間外労働の合算	給与システム連携、立入検査帳票、IC・ビーコン打刻（顔認証は2026年10月リリース予定）
CAERU勤怠	医療・介護向け	初期費用0円、人数課金なし、システム利用料7,500円/1拠点（月額）。税抜・税込の表記は公式ページになし。タイムレコーダー無料レンタル	夜勤・宿直などの回数や時間数の計上に対応	どの勤務地でも打刻でき、掛け持ち・ヘルプ先勤務を記録	タイムレコーダー、申請承認、手当の計上
タイムノート for medical	医療特化	料金は非公開で問い合わせ	様式9、出勤簿、施設基準の届出を出力	病院・施設向け	給与連携用CSV、電子カルテ連動（メーカー制限あり）
アマノ TimePro-VG	中堅・大規模向け	料金は要件により変動し問い合わせ。オンプレミス1プラン・クラウド2プラン	勤務間インターバル、変形労働、シフト最大9,999種	大規模・グループ運用向け	時間外上限チェック、PCログとの乖離確認、入退室管理
KING OF TIME	汎用クラウド	月額は利用人数×300円（税別）、初期費用無料、最低契約期間なし。打刻機器を購入する場合は別途費用。30日間無料体験	変形労働や各種打刻は設定で対応範囲を確認	管理者の役割に応じて閲覧・編集権限を設定可能	外部給与ソフト連携、タイムレコーダー
Touch On Time	汎用クラウド	初期費用0円、月額300円/人、追加費用なしで全機能。税抜・税込の表記は公式トップになし	シフト、有休、残業集計に対応	最低利用人数・最低契約期間なし	Web、モバイル、IC、生体認証、顔認証
ジョブカン勤怠管理	汎用クラウド	初期費用・サポート0円、1ユーザー200〜500円/月（税抜、機能数で変動）、月額最低2,000円（税抜）	機能の組み合わせで確認	複数サービス利用時は料金確認	医療機関向け機能、給与計算・労務HR連携
ジンジャー勤怠	人事労務連携型	月額300円〜（税別、利用製品×利用人数）。初期費用ありで金額は見積もり	変形労働や多様な勤務形態を確認	グループ・多拠点利用を確認	人事、給与、ワークフローとの連携
マネーフォワード クラウド勤怠	バックオフィス連携型	法人基本料金3,980〜7,980円/月（税抜・月払い、年払いは2,480〜6,480円/月相当）。6名以上は勤怠の従量課金300円/名	医療固有要件は設定確認	法人単位の管理を確認	クラウド給与とのAPI連携
freee勤怠管理Plus	バックオフィス連携型	初期費用ゼロ。月契約は基本料金1,500円/月（税抜、5名分。5名未満でも最低利用料金として発生）、6名以上は300円/名。年契約もあり	勤務間インターバルや残業抽出に対応	海外拠点・英語表示にも対応	freee人事労務へAPI連携

金額は2026年10月2日時点で各社の公式ページを確認した範囲です。税抜・税込、月払い・年払い、最低利用料金の記載がある製品は表内に前提を入れ、記載がない製品はその旨を書いています。医療特化製品や連携費用は個別見積もりになりやすいため、月額、初期設定、端末費用、連携費用、保守費用を分けて確認してください。

病院向け勤怠管理システムおすすめ10選【2026年版】

小規模クリニックは汎用クラウド、中規模以上の病院は宿日直、様式9、電子カルテ連携まで確認できる医療特化型を含めて比較しましょう。ここでは、比較表の10製品について、公式ページで確認できた特徴と向いている医療機関を紹介します。

夜勤中のトラブルや締め日の問い合わせに備え、候補製品の窓口・対応範囲は勤怠システム 保守サポートの選定ポイントも参考に確認してください。

Dr.JOY 勤怠管理

医師の働き方改革への対応を重視する病院向けです。当直を日付ごとに一括で割り当てられ、連続勤務時間制限と勤務間インターバルを管理し、代償休息の対象になった医師には管理者と本人へアラートを出します。兼業先の勤務予定・実績も登録でき、自院と合算した時間外労働を把握できます。医療法第25条第1項に基づく立入検査向けの帳票も作成できます。

CAERU勤怠

拠点単位の料金で、職員数が多い法人ほど1人あたりの費用を抑えやすい製品です。一度登録した職員はどの勤務地でも普段のICカードで打刻でき、掛け持ちやヘルプ先での勤務を記録できます。夜勤・宿直や緊急呼び出しなど、手当につながる勤務の回数・時間数の計上にも対応しています。

タイムノート for medical

病床を持ち、様式9の作成負担が大きい病院向けです。様式9は休暇時間や研修・会議時間を自動で差し引いて出力でき、適時調査で求められる出勤簿や施設基準の届出も出力できます。給与連携用のCSVと電子カルテとの連動にも対応しますが、連動できる電子カルテのメーカーには制限があります。

アマノ TimePro-VG

職員数が多い病院やグループ法人向けです。シフトは最大9,999種まで設定でき、勤務間インターバル、変形労働時間制、週・月・年単位の時間外上限チェックに対応しています。PCログとの乖離確認や入退室管理とも組み合わせられ、オンプレミスとクラウドからプランを選べます。

KING OF TIME

月額が利用人数×300円（税別）と読みやすく、初期費用もかかりません。管理者の役割に応じて閲覧・編集の権限を設定できるため、拠点長には自拠点だけを見せる運用を組みやすい製品です。夜勤や変形労働は設定で対応範囲が変わるため、30日間の無料体験で自院の勤務パターンを試してください。

Touch On Time

追加費用なしで全機能を使え、最低利用人数や最低契約期間の制約がありません。Web、モバイル、IC、生体認証、顔認証と打刻方法の選択肢が多く、病棟、外来、訪問先で打刻方法を分けたい医療機関に向きます。

ジョブカン勤怠管理

出勤管理、シフト管理、休暇・申請管理、工数管理の4機能から必要なものだけを選べ、1機能200円から機能を足すごとに100円ずつ上がります。医療機関向けの機能ページも用意されており、低コストで始めて必要に応じて機能を足したい中小規模の医療法人に向きます。

ジンジャー勤怠

人事、給与、ワークフローなど同じシリーズの製品と組み合わせて使う前提の料金体系です。勤怠だけでなく人事情報も一元化したい法人に向きます。初期費用がかかるため、見積もりで総額を確認してください。

マネーフォワード クラウド勤怠

会計・給与・労務をマネーフォワードでそろえている法人に向きます。法人の基本料金に勤怠の利用が含まれ、6名以上は1名あたりの従量課金が加わる仕組みです。基本料金のプランで含まれるアカウント数が変わるため、職員数で試算してから比較してください。

freee勤怠管理Plus

freee人事労務と組み合わせて給与計算まで流したい小規模な医療法人に向きます。基本料金で5名まで使え、6名以上は1名ごとに追加料金がかかります。勤務間インターバルや残業の抽出に対応し、海外拠点や英語表示にも対応しています。

医療機関に限らず、企業規模や勤務形態ごとに一般的な勤怠管理システムを比べたい場合は、勤怠管理システム おすすめ比較規模・勤務形態・複雑シフト別の選び方も参考にしてください。

夜勤・変形労働・複数拠点への対応比較

夜勤や変形労働への対応は、「シフト管理あり」だけでは判断できません。宿日直、オンコール、兼務、応援勤務を給与規定に合わせて処理できるかを確認します。

確認項目	医療特化型で見ること	汎用クラウド型で見ること
夜勤・明け	2交代・3交代、2暦日勤務、夜勤明けの扱い	勤務パターン、日跨ぎ集計、手当対象回数
変形労働	医師・看護師・事務職で異なる勤務形態	日・週・月単位の集計、アラート設定
宿日直	許可を受けた宿日直と通常労働の記録分離	勤務区分、申請、例外処理の設定可否
複数拠点	拠点別承認、本部集計、兼務者の合算	管理者権限、所属異動、応援勤務の扱い
オンコール	待機、呼出、実労働時間の記録	申請区分、手当計算、給与連携項目

厚生労働省の宿日直許可相談窓口でも案内されている通り、宿日直は労働基準法に基づく許可制度と関係します。導入時は、通常業務、待機、呼出、休息の勤務区分を決めておきます。

拠点別権限や本部集計の考え方は、複数拠点の勤怠管理を効率化する方法でも整理しています。

医療現場の勤務パターン例

3交代制の病棟と当直を組み合わせる病院では、たとえば次のような勤務帯が同じ月の勤務表に並びます。時間帯は施設ごとに異なるため、自院の勤務表に置き換えて確認してください。

• 日勤（例: 8:00〜17:00）
• 準夜勤（例: 16:00〜翌0:00）
• 深夜勤（例: 0:00〜9:00）
• 当直（例: 17:00〜翌9:00）
• オンコール（時間外の呼び出し対応）

これだけの勤務帯をスプレッドシートで管理すると、日付をまたぐ勤務の集計や、当直中の呼び出しを実労働として切り出す作業が手作業になります。勤怠管理システムを試すときは、自院の勤務帯をそのまま登録し、日付をまたぐ勤務が1勤務として集計されるか、手当の対象回数が正しく数えられるかを確認してください。

給与計算・人事・電子カルテとの連携

勤怠管理システムは、打刻だけで完結しません。病院では、勤怠データが給与計算、人事情報、電子カルテ、様式9とつながります。連携方式はCSV、API、電子カルテ連動、補助ツールの4つに分けて確認すると失敗しにくくなります。

CSV連携は始めやすい一方、項目名や締め処理の順序がずれると手作業が残ります。API連携や電子カルテ連携は、対象製品と権限設定を確認してください。

勤怠データが正確でも、給与計算が手作業のままでは転記ミスが残ります。医療機関は勤務帯が多く、手当の計算ロジックも複雑になるため、次の点を確認しておきます。

• 就業時間と連動して給与計算用のデータを自動で作れるか
• 深夜手当、休日出勤手当、夜勤・当直手当の対象回数や時間を自動で計上できるか
• 勤怠データをCSVやPDFで出力できるか
• 使用中の給与ソフト（例: 弥生給与、freee人事労務、給与奉行など）に取り込める形式で出力できるか

標準SaaSだけで足りない場合は、承認状況、応援勤務、独自手当、給与CSVの整形だけをBubbleで補う構成もあります。考え方は、BubbleとDifyで効率的な勤怠管理システムを作成する方法で紹介しています。

仮想ケーススタディ：3拠点クリニックで勤怠と給与連携を整える流れ

ここでは、3つのクリニックと訪問診療チームを持つ医療法人を仮想例として考えます。実在する医療法人の導入事例ではなく、複数拠点で起きやすい課題を整理するための例です。

紙とExcelで勤怠を管理していると、夜勤と通常勤務の境目で集計ミスが起き、拠点ごとの勤務時間を法人全体で合算できず、残業申請の遅れから時間外労働の上限に近づいていることに気づけない、という課題が重なりがちです。

最初から全機能を切り替えるより、拠点別の打刻、承認、本部集計、給与連携の順に整える方が現実的です。まず各拠点で同じ打刻ルールを決め、例外勤務を洗い出します。次に承認権限を拠点長と本部に分け、拠点長は自拠点の修正、本部は全拠点の確認と締め処理を担当します。

最後に、給与ソフトへ渡す項目を固定します。独自手当や兼務集計が残る場合は、外側に補助画面や変換処理を作ると、本部業務を減らせます。

導入前に確認するチェックリスト

導入前には、製品比較より先に運用条件を固めます。締め日、勤務パターン、承認者、修正権限、給与連携項目を一覧化してください。

1. 拠点ごとの締め日、承認者、修正権限を決める
2. 夜勤、宿日直、オンコール、緊急呼出、応援勤務の区分を決める
3. 医師、看護師、事務職、非常勤、兼務者で勤務ルールを分ける
4. 給与計算へ渡す項目、CSV形式、API連携の可否を確認する
5. 電子カルテや既存台帳との連携が必要かを確認する
6. 打刻端末、ICカード、スマホ、GPS、ビーコンなど現場に合う方法を試す
7. 管理者用と現場職員用の操作マニュアルを用意する
8. 1拠点で試験運用し、打刻漏れ、承認遅れ、給与データの不一致を確認する

導入がうまくいくかは、システムそのものより、院内の運用ルールの整備と現場スタッフへの周知で決まります。打刻のタイミング、修正の申請方法、夜勤明けの扱いを事前に決めて説明しておかないと、新しいシステムでも打刻漏れや修正依頼が本部に集中します。試験運用の期間を設け、現場の声を設定に反映する流れを用意してください。

無料トライアルでは、「現場が迷わず打刻できるか」「拠点長が自分の担当範囲だけ確認できるか」「本部が全拠点を横断して見られるか」を見てください。

病院向け勤怠管理のFAQ

病院向け勤怠管理システムでは様式9まで作れますか？

製品によります。医療特化型には様式9や施設基準届の作成支援を掲げる製品があります。病床を持つ病院では、帳票出力の範囲を確認してください。

宿日直許可がある場合も勤怠記録は必要ですか？

必要です。許可の有無と、日々の勤務実態を記録できるかは別です。通常業務、呼出、休息を勤務区分として残せるかを確認しましょう。

複数拠点の医療法人では何を優先すべきですか？

最初に拠点別権限と本部集計を確認します。各拠点の責任者が自拠点だけ修正でき、本部が全体を横断して確認できる状態にします。

電子カルテと連携できる製品を選ぶべきですか？

電子カルテ連携が必要かは、労働時間の根拠をどこから取るかで変わります。まず給与計算に必要な勤怠データを出せるかを優先してください。

標準SaaSで合わない場合はどうすればよいですか？

製品をすぐ変える前に、設定変更、CSV加工、ノーコード補助ツールの順に検討します。独自手当、例外勤務、給与連携前の整形だけを補助ツールで扱うと、導入済みシステムを活かしやすくなります。

まとめ

病院向け勤怠管理システムを選ぶときは、製品名や月額単価だけでなく、自院の勤務パターンをどこまで標準機能で扱えるかを確認してください。複数拠点では、拠点別の承認、本部集計、応援勤務、夜勤、宿日直、オンコール、給与連携が絡みます。

小規模クリニックなら、CAERU勤怠、ジョブカン、freee、マネーフォワードのように導入しやすい製品から比較できます。中規模以上の病院では、Dr.JOY、タイムノート for medical、アマノ、KING OF TIME、Touch On Time、ジンジャーなどを含め、宿日直、様式9、打刻端末、連携範囲を詳しく確認しましょう。候補を2〜3製品に絞ったら、無料トライアルで現場との相性を確かめてください。

標準SaaSだけで全てを解決しようとすると、独自手当、複数拠点の例外勤務、既存台帳との突合で運用が止まる場合があります。標準製品で足りる部分と、個別設計が必要な部分を分けることが導入成功の近道です。

ノーコード総合研究所では、Bubbleを活用した業務システムや補助ツールの開発を支援しています。勤怠システム本体はSaaSを使い、拠点別の確認画面、給与CSVの整形、独自申請フローだけをノーコードで補う設計も可能です。すでに勤怠SaaSを導入している医療法人でも、連携前のデータ整形や本部確認画面だけを追加すれば、既存契約を活かしながら運用を改善できます。まずは自院の勤務ルール、拠点数、給与連携の現状を整理し、標準製品で足りる部分と個別設計が必要な部分を分けることから始めてください。導入判断に迷う場合は、現場で使う打刻・承認と、本部が必要とする集計・連携を分けると、相談内容も具体化できます。